Po wielu zmianach organizacyjnych i strukturalnych jakie miały miejsce na Politechnice Gdańskiej od momentu jej powstania w 1904 roku, 1 października 1969 roku  powstał „Międzywydziałowy Instytut Fizyki”. Wyodrębniono w nim 7 Zakładów Dydaktycznych, które prowadziły zajęcia z fizyki dla Wydziałów Politechniki Gdańskiej.

Od 1974 roku  w ramach Instytutu Fizyki działało 7 zespołów naukowo-badawczych: (1) Zespół Kryształów organicznych, (2) Zespół Fotoluminescencji, (3) Zespół Tarcia wewnętrznego w ciałach stałych, (4). Zespół Ciał amorficznych, (5) Zespół Oddziaływań jonowych i elektronowych, (6) Zespół Dielektryków i półprzewodników organicznych oraz (7) Zespół Spektroskopii roztworów.

Taka struktura obowiązywała do 1983 roku, kiedy to Instytut Fizyki (razem z Instytutem Matematyki) przekształcony został w Wydział Fizyki Technicznej i Matematyki Stosowanej z czterema Katedrami Fizyki i trzema Katedrami Matematyki.

Badania prowadzone w Katedrach obejmowały fizykę ciała stałego (szkła, kryształy organiczne) oraz fizykę molekularną (fotoluminescencja, zderzenia elektronów z molekułami i jonami) mechanikę płynów, analizę matematyczną, równania różniczkowe, metody numeryczne i rachunek prawdopodobieństwa.

Struktura Wydziału Fizyki Technicznej i Matematyki Stosowanej została zreorganizowana ponownie 1 września 2020 roku.
W jej ramach utworzony został Instytut Fizyki i Informatyki Stosowanej, w którego skład wchodzi obecnie 7 Zakładów Naukowych: