Centrum Nanotechnologii A znajduje się 25 specjalistycznych laboratoriów dydaktyczno-badawczych, m.in.: syntezy wysokotemperaturowej, syntezy nanomateriałów organicznych, cienkich warstw, laserowej preparatyki powierzchni biomateriałów, badania powierzchni materiałów, a także laboratorium optoelektroniczne wysokiej czystości, preparatyki materiałów polimerowych, analizy termicznej, mikroskopii elektronowej i optycznej czy też specjalistyczne laboratorium AFM/STM.

Wszystkie pomieszczenia laboratoryjne zostały wyposażone w nowoczesną aparaturę dydaktyczno-badawczą m.in.: wielofunkcyjny mikroskop AFM/STM pracujący w niskich temperaturach, skaningowe mikroskopy elektronowe,  mikroskopy optyczne, mikroskop konfokalny, urządzenia do  nanoszenia cienkich warstw nieorganicznych.

Do dyspozycji studentów i doktorantów jest także, nanoindentometr, rentgenowski spektrometr fotoelektronów (XPS), spektrometr FTIR, analizatory termiczne DTA-DSC wraz ze spektrometrem masowym, zestaw aparaturowy do badań własności elektro-magnetycznych w zakresie 5-400K.

W Centrum Nanotechnologii B skupiać się będzie 11 laboratoriów o łącznej powierzchni sięgającej 540 m2, audytorium dla 120 osób oraz pomieszczenia dydaktyczne, seminaryjne i pokoje do preparatyki, pomieszczenia dla nauczycieli, doktorantów oraz magazyny. Na wyposażeniu laboratoriów Centrum B będą m. in. stanowisko do otrzymywania proszków o nanometrycznej granulacji,  mikrotwardościomierz, laser impulsowy czy mikroskop elektronowy skaningowy o wysokiej rozdzielczości. Budynek zasadniczy będzie miał wysokość 15,5 metra, czyli cztery kondygnacje naziemne i jedną podziemną. Na każdej kondygnacji budynku zaprojektowano przestrzenie rekreacyjne z wolnym dostępem do Internetu. Podobnie jak Centrum Nanotechnologii A będzie to tzw. inteligentny budynek.